Chùa Đậu tọa lạc tại thôn Gia Phúc, xã Nguyễn Trãi, huyện Thường Tín, thành phố Hà Nội. Ngôi chùa này cách trung tâm thành phố Hà Nội khoảng 25km. Trước kia, khu vực Thường Tín thuộc tỉnh Hà Tây cũ (hiện tại đã là Hà Nội). Vì vậy, nhiều du khách vẫn có thói quen tìm chùa Đậu Hà Tây thay vì chùa Đậu Hà Nội như hiện tại.

Từ trung tâm thành phố Hà Nội, để đi tới chùa Đậu, bạn có thể lựa chọn 2 cách di chuyển như sau:

Đi phương tiện cá nhân: Di chuyển theo Quốc lộ 1A cũ hướng Thường Tín. Khi tới xã Nguyễn Trãi, bạn rẽ phải, di chuyển thêm khoảng 2km là có biển chỉ dẫn tới chùa. 

Đi xe bus: Bạn lên tuyến bus số 06 Giáp Bát - Phú Xuyên, xuống xe ở bến Quất Động. Tiếp theo, gọi xe rẽ vào hướng khu công nghiệp Quất Động, đi thêm khoảng 1,7km sẽ gặp biển chỉ dẫn đi tới chùa Đậu Thường Tín.